Desconocemos la fecha de nacimiento de este maestro de obras de las iglesias del estado de Marchena, aunque no hay duda sobre su origen manchego, ya que en su testamento (III-1677) deja una manda de misas rezadas en la ermita de San Clemente, donde entonces vivían tres primas hermanas, y nombra herederos a cuatro sobrinos que eran vecinos de Villanueva de los Infantes (Ciudad Real).
El inicio de su actividad profesional en la taha de Marchena se produce tras el levantamiento parcial del embargo de parte de los diezmos que correspondían al Duque de Maqueda, al aceptar éste las obligaciones impuestas por la Bula de Alejandro VI, relativas a la reparación y construcción de las iglesias de su señorío. La mayoría fueron reparadas en las décadas centrales del siglo XVII y, en 1661, la Chancillería ordenó la reedificación de las de Instinción y Rágol. Sin embargo, el comienzo de las obras se dilató un lustro, entre otros motivos, por la prisión del alarife Castillo, acusado de incumplimiento con ocasión de las obras de la casa palacio de los duques en Huécija.
Las obras de ambas iglesias, en lo tocante a albañilería y carpintería, clavazón y demás materiales, corrieron a cargo de Juan del Castillo que, a comienzos de 1670, reclamaba al Administrador de las rentas del estado el pago de sus honorarios. Por entonces, Castillo llevaba a cabo una intervención en la Casa de la Gobernación de Huécija para convertirla en palacio del Duque de Maqueda. Bajo su dirección, trabajaron el carpintero Pedro Sánchez y su oficial, Toribio, ambos vecinos de Fondón, además de Juan Ramón, vecino de Alicún, y Matías López, vecino de Bentarique, que entregó trece cargas de madera. En marzo de 1672, Rodrigo Sedeño, maestro mayor de obras de la ciudad y obispado de Guadix, a instancia del administrador, y Antonio Martínez Guillén, maestro de carpintería y alarife, vecino de Alboloduy, nombrado por Castillo, tasaron todo lo fabricado hasta entonces en dicha casa y manifestaron que el maestro de obras tenía que hacer algunos reparos que faltaban. Ante esta situación, Castillo renunció a seguir dirigiendo las obras argumentando que se encontraba achacoso y enfermo. Su delicado estado de salud también debió impedirle dirigir la obra de la iglesia de Alhama, cuya construcción fue ordenada por el Duque al Gobernador en junio del mismo año.
En la documentación notarial de 1670 y 1672, Castillo se declara vecino, residente y estante en la villa de Huécija, pero cuando redactó su testamento estaba avecindado en Rágol, donde debió contraer matrimonio con María Ana Usero y disfrutaba de una holgada posición económica. Su fallecimiento en 1677 impide confundirlo con el alarife y cantero local del mismo nombre que, a fines del siglo XVII, cubrió con una bóveda la vieja iglesia del convento de los agustinos de Huécija y, a partir de 1723, trabaja en la construcción de la nueva y labra la portada lateral.