Hijo de los condes de Palma, señores de la casa de los Torres del Castillo; eran descendientes de la casa de Villena por Luis de Portocarrero, el menor de los hijos de Juan Pacheco. Había ingresado en el convento de San Francisco de la orden de Menores Observantes. Estudió en la Universidad de Alcalá, en el Colegio de San Pedro y San Pablo de la provincia de Santiago, que había sido fundado por el cardenal Cisneros. El 1589 lo encontramos ya de guardián del convento de Salamanca, donde ingresó, y el 1601 tiene el mismo cargo en el convento de San Francisco, de Zamora. Nombrado ese mismo año visitador de Andalucía, presidió el capítulo de la Orden en Jerez de la Frontera. Era muy apreciado en la Casa Real, ya que fue confesor de la hermana de Felipe II, la emperatriz María, esposa del Emperador Maximiliano II, y también confesor de Ana de Austria, la cuarta esposa de Felipe II. El mismo Rey lo presentó para la diócesis de Almería el 18-III-1602 y el Papa Clemente VIII lo promueve al obispado el 29-VII-1602. Tomó posesión el 7-III-1603 por poderes.
Debió de hacer su entrada en la Catedral muy pronto. Durante su episcopado hizo obras importantes. El 21- IV-1606 comunica al cabildo su decisión de levantar en la Catedral la capilla del Sagrario, que pudo bendecir el 1610. Tenía la misma profundidad que las otras tres capillas laterales, como pudimos descubrir al excavar en el subsuelo de la actual en febrero de 1974, encontrando su pobre cripta. A él se debe igualmente el levantar sobre los cimientos en que quedó en 1559 la gran torre de la Catedral donde campea su escudo de armas. Terminaba con esta edificación la seguridad de defensa de la Catedral-fortaleza. Para consuelo de los vecinos de la Almedina levantó también el templo de la parroquia de San Juan Bautista aprovechando el muro de la mezquita mayor, que estaba en pié y en el que se encuentra el mihrab. Así trasladó dicha parroquia de la plaza de las Zarzosas, que dejó como capilla. Levantó además el templo de la parroquia de San Pedro (el Viejo), radicado en una pequeña antigua mezquita. Para ello compró un solar inmediato, dejando para capilla del Sagrario el de la antigua mezquita. Fue construido en estilo renacentista con una techumbre mudéjar. Desamortizado en 1835, fue adquirido en 1911 por Juan Vivas Pérez para templo del Sagrado Corazón. Mandó construir el convento de los PP. Franciscanos, en el cual estableció una celda para él y colocó su escudo de armas. Desamortizado en 1835 y, no hace muchos años, derribado para construir un edificio de viviendas, junto a la actual parroquia de San Pedro, que se estableció en el antiguo templo de San Francisco de Asís. Una de las obras más importantes de Portocarrero fue la erección del Seminario en 1610, que puso bajo la advocación de San Indalecio y que, con anterioridad, no se había podido llevar a cabo porque la guerra de los moriscos (1568- 1570) había dejado la ciudad casi despoblada y totalmente arruinada.
Muchas fueron sus obras en la Catedral y hasta el final manifestó su generosidad con su Iglesia. Él dejó unas andas de plata para la procesión del Santísimo que se guardaban en el convento de San Francisco. Fomentó el culto a la Eucaristía. El 3-VI-1608 presidió el Cabildo en el que se trató de la puesta en escena de la comedia (auto-sacramental) el día del Corpus en el crucero de la Catedral, antes de salir la procesión del Santísimo. La preparaba el Ayuntamiento, bajo la revisión del doctoral y la representaban los seminaristas. También es destacable la celebración del Sínodo Diocesano (19-X-1607), donde se recogieron los acuerdos del Concilio de Granada de 1565, en el que se trató de adaptar los mandatos del Concilio de Trento, además de abordar los problemas que el tema de los moriscos supuso para nuestra comunidad. A fray Juan de Portocarrero se debe el que los capitulares pudieran usar capa en la Catedral, ya que anteriormente sólo usaban sobrepelliz de manga larga. Mucho se cuidó del esplendor de la liturgia en la Catedral, sobre todo en cuanto al culto al Santísimo Sacramento.
También fue muy importante la investigación que mandó hacer para conocer los orígenes apostólicos de esta Iglesia y fijar datos sobre San Indalecio; decretando la celebración de la fiesta del varón apostólico como patrón de la diócesis (8-V-1621) y, el año siguiente, el Rey concedió se celebrase cada año el día 15 de mayo; sin embargo, no consiguió traerse el cuerpo del monasterio de San Juan de la Peña, adonde había sido llevado en el siglo XI. En 1618, un almeriense, el hermano Abelda, se dedicó a levantar la ermita de San Indalecio sobre el lugar de su antigua tumba y a vivir como solitario dedicado a cuidar del culto al santo patrono. Fue en peregrinación al monasterio de San Juan de la Peña y consiguió traerse una reliquia del santo fundador de la diócesis.
Al agravarse su enfermedad de perlesía que le afectó tanto a las manos, la Santa Sede le nombró obispo coadjutor en la persona de fray Antonio de Viedma y Chávez, O.P., que anteriormente era obispo titular de Petra, como auxiliar del obispo de Sigüenza, Pedro González de Mendoza. El 8-III-1631 los canónigos Navarrete y Molina acuden a las casas episcopales porque acababa de morir el obispo fray Juan de Portocarrero. Fue amortajado con todos los paramentos pontificales, con las planetas y la casulla en seda de color morado. Así le vimos al identificar su cuerpo en las excavaciones. Es verdad que al abrir la tumba todo se hizo cenizas, pero pudimos verlo. Se le había enterrado en la capilla del Sagrario, que él mismo había levantado, en una pobre cripta construida al lado del evangelio. Pusieron solamente en la capilla su escudo, que debió de desaparecer al ser ampliada dicha capilla por posteriores sucesores. La caja era de madera tapizada de terciopelo morado, del que quedaba apenas algunas muestras. Tenía las manos cruzadas sobre el pecho con guantes morados episcopales y bordados en oro JHS.
El 11 de marzo, el Cabildo, que asumió la jurisdicción hasta que el obispo coadjutor tomara posesión, escribió a los cinco vicarios de la diócesis renovándoles el mandato. El 15 se celebró el funeral y, a continuación, las honras fúnebres de costumbre. El 16 de abril, el obispo coadjutor, fray Antonio de Viedma y Chavez, tomó posesión por poderes y murió el 10- VI-1631, con sólo cuarenta y cinco días de gobierno de la diócesis. En la persecución religiosa de 1936 se hizo desaparecer la efigie suya que había en uno de los medallones de la fachada del palacio episcopal.