Nació, posiblemente, en la calle Lope de Vega de Almería; influyendo muchísimo en su formación y en su educación su tío, Miguel Domínguez López, cura párroco de Roquetas de Mar, que murió el 1878 en olor de santidad y con quien pasó largas temporadas. Con ocho años inició los estudios de Latín y Humanidades en el Colegio-Seminario de San Indalecio de Almería. A los catorce ya estudiaba Filosofía y, en 1877, obtuvo por unanimidad una beca. Además de sacar meritísimus en todas las asignaturas y premios, Domínguez participó en actos literarios de gran altura y profundidad filosófica (1880). Lo quisieron de veras y lo admiraron porque unía a aquella sabiduría desbordante una bondad y sencillez extrema.
El obispo José María Orberá le nombró profesor de Filosofía y Oratoria en su propio Seminario (1883), con sólo 19 años y sin recibir las órdenes sagradas. Con 21 años de edad, y con dispensa especial de Roma, fue ordenado sacerdote. Eran tales sus cualidades oratorias, por su verbo cálido, expresivo, iluminado, brillantísimo y sabio, que comenzó inmediatamente a ser solicitado para predicar en muchas iglesias. Era un torrente de armonía. Sus oposiciones a magistral en Guadix fueron un acontecimiento singular, pues tenía solamente 26 años de edad. En muchas ocasiones vino a predicar a Almería y participó en la inauguración del tren de Linares a Almería.
A la llegada a Guadix del obispo de Almería Santos Martínez Zárate, acompañado de las autoridades de la ciudad, el Círculo Católico de Obreros de la ciudad de Guadix, del que Miguel Domínguez era el presidente, ofreció una velada literario-musical. Guadix ha idolatrado a su magistral y, aún hoy, a tantos años de distancia de su muerte, no se ha perdido su memoria. Sus alumnos han continuado publicando la revista Nieve y Cieno, perpetuando una de sus mejores obras literarias, que ha sido el memorial constante de su gran figura. Predicó en muchas ciudades españolas. Nació artista de pies a cabeza: fue buen músico y pintor. Entre sus muchas obras recordamos: De la raza, La hija del fuego y Nieve y cieno. Como orador se le llamó el ruiseñor de la Virgen.
El final de sus días debió de ser duro. Tenía a su cargo ocho personas, a las que tenía que alimentar con sus limitadas entradas. Además de la paga de canónigo, tenía 500 pesetas anuales por la cátedra de Teología y otras 500 por la dirección del Boletín del Obispado. Desde que sufrió la angina de pecho, se sintió enfermo. Económicamente quedó mal, teniendo que vender algún instrumento musical por necesidad. El 2-I-1916 se sintió tan enfermo de las opresiones del pecho que mandó llamar al rector del Seminario para que le administrara los últimos sacramentos. Murió a la media noche, apretando fuertemente el escapulario de la Virgen del Carmen en sus labios. El obispo de Guadix, Timoteo Hernández, lloraba como un niño ante el cadáver de José Domínguez y costeó la lápida, bajo la cual descansan sus restos mortales en el cementerio de Guadix. La ciudad de Almería, como reconocimiento, le dedicó una calle.