Hijo de Juan Chacón y Luisa Fajardo Manrique. Paje de la Reina Católica, consejero real, caballero de la orden de Santiago desde 1499. Sucesor de sus padres en todos sus señoríos y primer marqués de los Vélez. Guerrero, cortesano, prototipo del indómito noble español del Renacimiento, a la vez que Adelantado, negociante en el mercado de alumbres europeo. Educado en la Corte junto a otros jóvenes de familias nobles, como el Marqués de Mondéjar, con el que le uniría una larga amistad. Pedro Mártir de Anglería, maestro de ambos caballeros, muestra a Pedro Fajardo en su correspondencia como un joven reflexivo, a veces melancólico, bien dotado por la naturaleza, de espíritu inquieto, perfecto conocedor de la lengua latina, en la que frecuentemente escribía. Compuso coplas, canciones y ensayos poéticos, como otros jóvenes nobles de la época. Modelo de caballero renacentista culto, letrado, integrante de un mundo diferente al medieval. Una formación que fue diluyéndose poco a poco a partir de los primeros años del siglo XVI, cuando las gestas militares y las preocupaciones mercantiles fueron ocupando el sitio de los afanes intelectuales.
Se casó tres veces. La primera (1499) cuando contaba con 21 años, con Magdalena Manrique, miembro de una de las familias con las que se habían enlazado los Chacón desde generaciones atrás. El matrimonio se deshizo al ser repudiada Magdalena por estéril en 1507. Al año siguiente contrajo matrimonio con Mencía de la Cueva, de la que tuvo únicamente a su primer hijo, Luis Fajardo, heredero del título de Vélez. El matrimonio únicamente duró una década, pues muere su esposa en 1517. Poco después firmaba las capitulaciones de un tercer y prolífico enlace con Catalina de Silva, con la que tuvo doce hijos.
Sabemos que llevaba los asuntos de su casa y sus estados al día, directamente, y que manejaba todos los hilos del conjunto de empleados que tenía, ya fuese en Mazarrón, en Medina del Campo, en Madrid o en los Países Bajos. Pero también vibró con preocupaciones intelectuales y se interesó por las bellas artes. Parte de sus rentas fueron invertidas en construcciones suntuarias. La majestuosa capilla de los Vélez en la Catedral de Murcia y el alcázar velezano reflejan que estaba al corriente de las concepciones y los estilos de la época. Este sentido de hombre renacentista puede explicar también que un grupo de canteros y carpinteros vizcaínos que colaboraban en la construcción del castillo de Cuevas se encargasen de la fábrica de un ingenio de azúcar, cuando en esa comarca no se cultivaba, ni ofrecía condiciones para el cultivo de la caña. Puede que se tratase de un capricho pasajero, puesto que el encargado de fabricar el azúcar estuvo tan sólo tres meses en Cuevas. O de la búsqueda de nuevas opciones de negocio, como diríamos hoy.
Hasta 1503 controlaba en sus estados un amplio territorio del centro y del este murciano, con Mula como cabeza y Cartagena como puntal principal. Además, poseía el cargo de Adelantado Mayor de Castilla por herencia familiar. En ese año, Isabel de Castilla le permutó la jurisdicción de la ciudad marítima por la posesión de Vélez Blanco, Vélez Rubio, Cuevas de Vera y Portilla, con sus términos y jurisdicción civil y criminal, alcabalas, tercias y 300.000 maravedíes anuales de juro en cada año de las rentas reales de Lorca y Murcia. Además, la reina Juana le otorgó el título de Marqués de los Vélez (12-VII- 1507), confirmado con Grandeza de España por el emperador en 1520. Definitivamente, los estados velezanos del Reino de Granada estaban integrados por Vélez Blanco (cabeza del señorío, con María, su anejo), Vélez Rubio (con Chirivel), Oria, Albox, Partaloa, Zurgena, Arboleas, Cantoria, Albanchez, Benitagla, Cuevas del Marqués (junto con Portilla). En Murcia tenía las villas y lugares de Molina, Mula, Albudete, Campos del Río, Librilla y Alhama.
Desde comienzos del quinientos las gestas bélicas van desplazando a los placeres de la cultura. Una de sus primeras actuaciones como caballero belicoso de corte medieval tuvo lugar en la sublevación de los moriscos granadinos en 1500, cuando, al mando de un reducido ejército, recuperó para los cristianos los lugares de la taha de Marchena. Seguidamente, a lo largo de 1503, tomó parte en unas banderías que enfrentaron a los obispos de Cartagena y Orihuela. En las revueltas contra el prelado cartagenero se llegó hasta el secuestro del deán de este cabildo. La gravedad de los hechos hizo que los Reyes Católicos enviaran un juez especial que instruyese el caso y que castigó a Fajardo, entre otros, al destierro de Murcia a perpetuidad, aunque poco después la pena se circunscribió a Murcia e incluso se rehizo su vinculación a la Corona, puesto que en 1507 se le concedió el marquesado velezano. El espíritu feudal afloró de nuevo cuando, en 1520, tomó partido en las Comunidades, alentando a los sublevados y escribiendo que no serviría al rey “mientras el ladrón de monsiú de Chevres haya parte o entienda en la gobernación”.
Al tiempo, revelaba su espíritu feudal al afirmar que “sus antepasados no le dejaron otra mejor herencia que conservar las comunidades”. Pero su apoyo no pasó de ahí, puesto que, iniciadas las revueltas, se marchó, primero a su casa de Molina y, después, a su fortaleza de Vélez Blanco, bajo pretexto de que la marquesa estaba delicada de salud. El incremento de la virulencia del movimiento comunero obligó al Marqués a cambiar de postura y apoyar decididamente a Carlos V, ayudando a sofocar la revuelta en Murcia y formando un ejército para luchar contra las Germanías en el sur de Valencia. Pacificada la región, no dudó en escribir al Emperador justificando su deslealtad primera en la frialdad de la Corte, lejos del calor y la cercanía presente en la otrora Reina Católica. En plena ortodoxia imperial, el Marqués actuó en el ejército que acudió a Navarra y La Rioja para rechazar la invasión de los franceses que intentaban ayudar a los comuneros. La influencia medieval está presente también en la preocupación por la defensa, que le mueve, en las dos primeras décadas del XVI, a crear una red de fortalezas en sus estados del sureste, integrada por los castillos de Vélez Blanco, Mula y Cuevas. Una preocupación que tropezaba con la prohibición real de erigir nuevos recintos castrales que aparecía de forma explícita en el privilegio real de concesión de las tierras almerienses a cambio de Cartagena. De seguro que su influencia en la Corte y su red de amistades le garantizaron no sólo el favor de la Corona, sino también su licencia.
Su carácter belicoso se manifestó de forma concreta a lo largo de su vida en los numerosos contenciosos que mantuvo con sus vecinos y con las autoridades eclesiásticas de la diócesis de Almería. En el primer caso podemos citar el pleito que por la comunidad de términos le enfrentó con el ducado de Alba, señores de Huéscar. Un conflicto entre los señores jurisdiccionales que se solventaba casi siempre como oposición de las oligarquías de los respectivos concejos. En el segundo caso, después de los primeros años de su marquesado velezano, en julio de 1512, el deán almeriense le comunicaba la exigencia, establecida por la Corona, de que construyese a sus expensas las iglesias de Vélez Blanco, Cuevas, la Portilla y que terminase la de Vélez Rubio, puesto que, después de dos décadas de la conquista, la diócesis seguía sin tener una red de parroquias. El Marqués contestaba que no tenía obligación de ello puesto que su señorío era consecuencia de una permuta y no de una merced real. Ante la insistencia de la Corona, las construyó, pero exigiéndole el abono de su importe íntegro. También en ese mismo año comienza el enfrentamiento por el cobro de los diezmos y el excusado. Como en casi todo el Reino granadino, está cobrando estos impuestos eclesiásticos al no estar construidas y dotadas las iglesias. La denuncia de su actuación originará otro contencioso que durará hasta sus herederos.
En cuanto a los prelados almerienses, si las relaciones de Pedro Fajardo con los primeros fueron pacíficas, sobre todo debido a que andaban casi siempre ausentes de la diócesis, el nombramiento de Diego Hernández de Villalán (1523) deterioró claramente sus relaciones. El nuevo obispo se convirtió en un ogro para el Marqués, quien le apodó galalán, pues sospechaba su connivencia con el deán de Cartagena. Un enfrentamiento que se extiende a diversas autoridades eclesiásticas, puesto que Fajardo mantenía aliados en las curias, informadores en los cabildos e incluso llegó a escribir en 1525 a su secretario que “ya se me començaba a ynchar las nariçes del enojo de estas cosas del señor arçobispo (de Granada) y de esotros señores que conmigo tienen debdo y amistad”. Villalán no pudo doblegar al indómito Marqués con ninguna de sus tácticas. Pedro procuró impedir cualquier intromisión en sus asuntos, e incluso en los que eran exclusivamente eclesiásticos. Así, ya boicoteaba a un clérigo nombrado para una de sus parroquias velezanas porque no era de su gusto, ya recurría a sus amigos en Roma para lograr su propósito y aislar al prelado de Almería en los círculos vaticanos, ya mandaba que sus hombres entrasen por la fuerza en la iglesia de Vélez Blanco o quemasen la de Cuevas para capturar a vecinos rebeldes, ya impedía con todo tipo de trabas las visitas pastorales del obispo.
La construcción de las iglesias, el cobro de habices y excusado y la reforma del reparto de los diezmos realizada por Villalán serán los tres motivos de continuas querellas entre Obispo y Marqués. Así, éste lo denuncia en 1525 acusándolo de malversación de fondos y nepotismo y diciendo que a su juicio “el templo de Dios ha de ser para rezar y no cueva de ladrones o fortaleza para pelear contra moros”. Al año siguiente Villalán conseguía de Carlos V, aprovechando su estancia en Granada, que despachase una real provisión amenazando a los nobles con el secuestro de sus rentas si no construían las iglesias en tres meses, a lo que Fajardo contestaba, cínicamente, que no podía construirlas por desconocer la traza de las mismas. De nuevo en 1543 un auto de la Chancillería le obligaba a ponerse a la obra, puesto que aún en cinco lugares de su señorío almeriense no habían comenzado las obras. La respuesta del Marqués al auto es taxativa: no piensa construir las iglesias porque era notoria la mala voluntad del prelado al incitar a los vecinos de María y Vélez, sus vasallos, en su contra. Morirá Pedro Fajardo y continuarán los pleitos. En cuanto al cobro de habices y excusado, en 1526 el obispo Villalán llevaba el pleito a la Chancillería. Ambas partes llegaron a una concordia en septiembre de ese mismo año. Pero, poco después, Fajardo trató de quedarse también con los siete novenos del diezmo que pagaban los cristianos viejos. Los sucesivos enredos hicieron que el pleito sobreviviese a ambos.
La participación de Pedro en el negocio de los alumbres de Mazarrón fue muy importante y significativa del interés que tenía una parte de la nobleza renacentista castellana por vincularse a los grandes intereses mercantiles del Mediterráneo. En 1460 se descubrió un yacimiento de alumbres en Mazarrón, casi al tiempo que en Tolfa, en los Estados Pontificios. La explotación de la mina murciana fue concedida por Enrique IV al marqués de Villena, Juan Pacheco, y al adelantado de Murcia, Juan Chacón, padre de Pedro, a partes iguales. Iniciada la comercialización, en los primeros lustros del XVI los beneficios que producían las minas y la fábrica de Mazarrón eran cuantiosos. De su importancia son pruebas las fundaciones conventuales y las obras arquitectónicas que erige el flamante Marqués de los Vélez, especialmente su programa de construcción de castillos citados antes. Su señoría es el cerebro de una vasta empresa que circunscribía su casa, sus estados y sus negocios. Al tiempo, Fajardo era quien daba instrucciones a su contador general, Francisco de Orozco; quien dirigía a su administrador de Mazarrón, Juan de Alcázar; quien daba la pauta a su mandatario en Madrid, Juan de Verástegui; quien orientaba al solicitador cerca del emperador, Juan Manuel. Firmaba libranzas, obligaciones, giros e, incluso, lo vemos en 1515 estableciendo junto con Chigi arrendador de las minas de alumbres de Tolfa, y el marqués de Villena, uno de los primeros conatos de integración horizontal de un producto que se conocen, es decir, un cártel, mediante el que controlarían toda la producción mundial, la distribución, se repartirían los mercados e impondrían sus precios a los alumbres. Un acuerdo que finalmente no cuajó. El negocio llega a ser tan fabuloso que, cuando en 1537 Carlos V solicitó una venta razonable de las minas de Mazarrón a la Corona, las cifras que demandaron Villena y Vélez fueron enormes. Aunque el Consejo de Hacienda les ofreció nueve millones de maravedíes anuales para cada uno, el convenio nunca se firmó.