En noviembre de 1668 fue nombrado Fiscal de la Inquisición en Lima, hacia donde embarcó en mayo del año siguiente. Allí ejerció de abogado de los Reales Consejos, miembro del tribunal de corte e inquisidor apostólico desde 1671 hasta el 28-V-1674. A la muerte de Pedro Vázquez de Velasco, quedó vacante el puesto de presidente de la Audiencia de La Plata (actual Bolivia), de modo que, a finales de diciembre de 1673, se designó para ese cargo a Bartolomé González de Poveda, quien tomó posesión meses después. En septiembre de 1674 recibió dos reales cédulas en las que se le informaba que había sido propuesto como arzobispo de La Plata. Tomó posesión de inmediato y, hasta 1687, compaginó los cargos de presidente de la Audiencia y arzobispo de Charcas. Como arzobispo amplió y reformó la Catedral, continuó la misión comenzada como presidente de la Audiencia de pacificación y reducción de infieles, mediante misiones y reducciones, especialmente de los jesuitas. Murió siendo arzobispo de La Plata el 26-XI-1692. Preocupado por su familia y lugar de nacimiento, erigió en la iglesia parroquial de Lúcar, la capilla del Rosario, y se llevó a América a sus sobrinos, los Marín de Poveda, que llegaron a formar en Sudamérica una de las familias más prestigiosas e influyentes.