Hijo de un regidor segoviano y perteneciente a un adinerado linaje judío, muy joven ingresó en el ejército participando en las campañas de África, Alemania, Italia y Flandes. En 1569 vino con D. Juan de Austria a la Guerra de las Alpujarras y, en 1571, quedó como capitán de una guarnición en el presidio de Berja. Aquel año fue nombrado visitador de las torres y fortificaciones de la costa del Reino de Granada, realizando un exhaustivo informe asistido por Vargas-Machuca, arquitecto mayor de la Capitanía. Posteriormente sería nombrado capitán de caballería y gobernador del partido de Berja, desde donde reorganizó el dispositivo defensivo para la repoblación. La Corona lo premió en 1575 con 10 suertes de población en esta villa, donde se asentó con su mujer, María de Oruña Ximénez de Quesada, de la que tendría larga progenie.

      A la muerte del conquistador Gonzalo Ximénez de Quesada (tío de su esposa), en 1580, marchó a las Indias para hacerse cargo de la herencia, acompañándole su parentela y 11 vecinos de Berja, entre ellos el escribano del apeo y repartimiento, Gaspar de Ávila, posteriormente escribano de Santa Fe de Bogotá. A su marcha, su cuñado Andrés Velasco, marido de otra sobrina de Ximénez de Quesada, se hizo cargo de su compañía y de sus propiedades. En el nuevo Reino de Granada, Berrío realizó tres expediciones para la conquista de El Dorado, descubriendo vastas tierras en el oriente venezolano, donde creó la gobernación de Guayana y Trinidad y Tobago, además de fundar dos ciudades: Santo Tomé de Guayana (actual Ciudad- Guayana) y San José de Oruña (actual Puerto España).