Hijo de Fernando Ochotorena Trujillo y de Emilia Gómez Fernández. Estudió Filosofía y Letras en Granada y Salamanca. Desde 1941 fue profesor en el Instituto de Enseñanza Media de Almería, aunque en 1945 hubo de trasladarse a Tetuán al no serle renovado el contrato. Tras dos años, volvió a Almería compatibilizando su labor docente como profesor de Filosofía en el Instituto, en el Colegio de La Salle y, más tarde, en el Colegio Diocesano, con su puesto como archivero de la Diputación Provincial. También fue Conservador de la Alcazaba y cronista oficial de la ciudad. Avalado por su maestro Emilio García Gómez, fue nombrado correspondiente de la Real Academia de la Historia. Se le concedió la Cruz de Isabel la Católica. Se relacionó con la mayoría de intelectuales y artistas de su época e incluso mantuvo una estrecha amistad con algunos de ellos, como el prolífico historiador José A. Tapia, el ilustre filólogo Florentino de Castro Guisasola, el artista indaliano Jesús de Perceval, con el que había coincidido en las clases de modelado de la Escuela de Artes y Oficios Artísticos, y otros muchos. Su aportación más importante fue una obra en dos pequeños volúmenes titulada: La vida de una ciudad. Almería siglo XIX, (1976-77) en la que, de manera cronológica, va recogiendo diversas noticias históricas. Aunque la mayoría de las veces no indica las fuentes de las mismas, es un referente indispensable para los investigadores de la época. Recientemente (2003), su hijo Rafael y M. García Valverde, completando las notas y apuntes dejados por Fernando, han publicado una especie de segunda parte, referida al primer tercio del siglo XX y en la que, lamentablemente, tampoco se indican las fuentes.