Militar y refundador de la villa de Níjar. Hijo del capitán Juan Pérez Muñoz y Petronila Muñoz, vecinos de Cazorla. Participó desde muy joven con su padre en diversas empresas militares, tanto en América como en el norte de África, ejemplo de ello es la campaña de Mostagan (Argelia), que le valió, entre otras, una merced real de 1.000 ducados en 1567. Al comenzar la sublevación morisca, Luis Pérez Muñoz fue nombrado capitán de una compañía de infantería de su villa natal, Cazorla, por Diego de los Cobos, marqués de Camarasa y Adelantado de Cazorla. Durante la guerra morisca dirigió la defensa de la villa de Fiñana y tuvo a su cargo la protección del aprovisionamiento del campo del marqués de los Vélez. Su brillante actuación le valió la confianza del propio Juan de Austria, que le encargó el levantamiento de una compañía de 300 soldados, con los que guarneció los presidios del valle del Almanzora (Cantoria, Tahal, Sorbas y Purchena), batiendo las sierras de los Filabres, Cabrera y Cabo de Gata.
Al finalizar la guerra y como hombre experto en ella, Pedro de Deza, presidente de la Real Chancillería de Granada y del Consejo de Población, le confió la repoblación de una de las zonas de mayor dificultad, por su peligrosidad, la villa de Níjar, que había quedado desierta tras la expulsión de los moriscos en 1570, con el fin de asegurar la amenazadora y estratégica costa del Cabo de Gata. Para ello le encargó la formación de una compañía compuesta por 50 soldados y 25 escuderos a caballo. El capitán Muñoz no regateó esfuerzos en ello y acudió a su tierra en busca de los repobladores-soldados. El trabajo del capitán Muñoz fue admirable en este sentido: consiguió convencer a numerosos paisanos suyos de Cazorla y lugares comarcanos (La Iruela, Segura de la Sierra, Quesada), sin duda, con el señuelo de la paga militar y los lotes de tierra como repobladores, y personalmente los condujo en convoyes a su nuevo lugar de población, Níjar. Fue una actuación muy cuidada: facilitó las provisiones necesarias (trigo, cebada, dinero,...), reclutó diversos oficiales imprescindibles en la nueva población (2 sastres, 1 herrero y herrador, 1 carpintero, 2 albañiles, 2 alpargateros, 1 polvorista y 1 albardero); en la operación gastó de su hacienda más de 1.000 ducados. Intervino en el repartimiento de la taha de Níjar entre los nuevos vecinos y organizó la defensa del territorio, que quedó a su mando, compuesta por la gente de guerra del presidio de Níjar y por las guardas de la costa del Cabo de Gata, que en número de 30 le fueron asignadas. Su extremado celo por el buen poblamiento de la zona y el aprovechamiento de los recursos le llevó a remitir a la corte diversos memoriales en los que abogaba por la figura del repoblador soldado, militar y labriego, única manera de mantener bien poblada la peligrosa zona costera almeriense.
Sus servicios militares en la guerra contra los moriscos y la repoblación de Níjar, auténtica refundación de la villa dirigida personalmente por el capitán Muñoz, fueron recompensados con la concesión de 8 suertes de población en la ciudad de Almería. Sin embargo, el Capitán cayó en desgracia. Varios roces jurisdiccionales entre Níjar y la ciudad de Almería llevaron a ésta a denunciarlo ante el capitán general de la costa del Reino de Granada, Francisco de Córdoba, quien lo encarceló, poniendo al mando del presidio de Níjar al almeriense Diego de Barrientos en 1575, entre las protestas de los cazorlenses. El capitán Muñoz fue a la Corte a negociar su situación ante el Consejo de Guerra y terminó retirándose a su villa natal, donde falleció en 1581. Las suertes de población que poseía en Almería fueron vendidas por su madre y su hermano Pedro Muñoz, canónigo de la Catedral de Almería, al acaudalado Andrés de Salmerón, tenedor de bastimentos del partido de Almería. Pero la labor militar y repobladora del capitán Muñoz en la villa de Níjar y Cabo de Gata fue continuada, a partir de 1585, por un antiguo compañero de armas, el también cazorlense capitán Diego Martínez de Jerez.