Según la leyenda, que él mismo alimentaba, nace (15-X) en la casa donde viviera el caudillo morisco Abén Humeya. Con apenas dos años queda huérfano de madre y su padre se casa con una hermana de la fallecida, que lo crió como a un hijo. En 1885 el cabeza de familia es nombrado juez en Almería y la familia al completo se traslada a la capital. En 1888 comienza sus estudios de bachillerato, que acaba cinco años más tarde, y en 1894 se matricula en la Universidad de Granada como alumno libre del Curso Preparatorio de Derecho y Filosofía y Letras, estudios que nunca terminó. Sus estancias en Granada, aunque cortas y esporádicas, recordadas lustros después en El encanto de la Alhambra (1922), le dan la oportunidad de relacionarse con la juventud literaria y artística de la ciudad.
En 1897 decide cambiar el rumbo de su vida y se marcha a Málaga, que será su punto de partida para arribar por fin a Madrid, donde empieza a darse a conocer como poeta. En esta primera visita asiste a las tertulias literarias del Café de Levante, Fornos y la Maison Dorée, y conoce a Salvador Rueda, Eduardo Zamacois, Alejandro Sawa, Jacinto Benavente, Ramiro de Maeztu, Joaquín Dicenta y a la que va a ser su primera esposa Elisa González Columbie, hija de un coronel retirado, presentada por el joven Manuel Machado. Colabora en la revista Germinal con un par de poemas que después recogerá en su primer libro, Intimidades (1898), de tono entre romántico y naturalista. Comienza por entonces su fecunda relación epistolar con el poeta malagueño José Sánchez Rodríguez.
Vuelve a Almería y allí le espera un padre profundamente disgustado por su larga escapada bohemia a Madrid. Viaja de nuevo a Granada, sube con un grupo de amigos a Sierra Nevada y después navega a Orán, acompañando en esta ocasión al escritor francés Charles Maurras, crítico y admirador de parnasianos y simbolistas. Bien entrado 1899 vuelve a Madrid, colabora en Revista Nueva, La Vida Literaria, La Vida Galante y Vida Nueva, dirige, con Martínez Sierra, la mejor etapa de El Álbum de Madrid y entra en contacto personal con Rubén Darío, que en una crónica para el diario La Nación, de Buenos Aires, lo presenta ya como “bello talento en vísperas de un dichoso otoño”.
A mediados de agosto se casa con su prometida Elisa, días después de haber salido de la imprenta Luchas (1899), que se abría con un soneto-prólogo de Salvador Rueda. Aunque su obra poética todavía no ha conseguido desprenderse de las poéticas decimonónicas, ya se perfila como joven paladín de la nueva poesía en la lucha por la vida literaria. En 1900 entabla relación epistolar con Juan Ramón Jiménez, a quien pronto, junto con Rubén Darío, invita a viajar a Madrid “a luchar por el modernismo”, sirviéndole de introductor y guía en la selva literaria de la capital. Así, como fruto de sus consejos, el poeta de Moguer publica Ninfeas y Almas de violeta, a la par que él da a conocer La copa del rey de Thule (1900), el título que libró la primera gran batalla del modernismo peninsular. La polémica estuvo servida y bien servida, y ante este pequeño conjunto de quince poemas, que no más componían el libro, sólo fueron posibles las posturas extremas de adhesión o repulsa: unos, como Manuel Reina, Antonio de Zayas, Juan Ramón Jiménez y Manuel Machado lo reciben con cálidos y encendidos elogios desde diversos medios periodísticos; otros, como el mismísimo Leopoldo Alas Clarín, póstumamente en Pluma y Lápiz, Francisco Fernández Villegas Zeda, en el diario La Época, y Tomás Carretero, en el semanario satírico Madrid Cómico, lo condenan con juicios degradantes, paródicos y burlescos, que el poeta recibe con gestos de desprecio. Rafael Cansinos Asséns, deslumbrado entonces ante La copa, cuyo impacto vivió muy de cerca, escribiría años después en La Nueva Literatura. Los Hermes [1916]: “Este libro minúsculo, circunstancial y efímero, es erigido en canon de la estética modernista, y granjea a su autor el renombre ambiguo y peligroso de los escritores raros, con todas las burlas de la incomprensión maligna y todos los ditirambos de la otra incomprensión bien intencionada, cuya ceguera es afectiva. Villaespesa es considerado por este parvo libro como el portaestandarte del modernismo literario, y durante mucho tiempo en él se clavan todos los dardos de la crítica rezagada y a él se dirigen los novísimos cortejos líricos”.
Comienza así su época de Hermes conductor de la nueva poesía española: ayuda a darse a conocer a Antonio Machado, que hasta ese momento era sólo el hermano de Manuel; presenta en la sociedad literaria madrileña, entre otros, al malagueño Sánchez Rodríguez, a los almerienses José Durbán Orozco y Francisco Aquino, a Isaac Muñoz Llorente y, años más tarde, a Fernando Fortún y Tomás Morales; crea todo un amplio espacio de acogida favorable alrededor de la figura de Rubén Darío; hace correr de mano en mano los abundantes libros hispanoamericanos de su biblioteca personal; impulsa las relaciones con los literatos portugueses; y lucha como nadie por articular el nuevo frente poético para la conquista de un amplio horizonte de afirmación literaria.
Su piso madrileño, donde Elisa se consagró como musa modernista, se convierte en centro de tertulias y reuniones, en las que se forjaron mil y un proyecto literario: allí, por ejemplo, se fundan Electra y Revista Ibérica, ejemplos selectos de las revistas que puso en marcha a lo largo de su vida. En 1902 publica El alto de los bohemios, un libro en línea con el anterior, pero más depurado, y que consolida su éxito en los ambientes del modernismo. Pero, junto a las alegrías literarias, está la enorme tristeza de ver morir a su esposa en 1903, víctima de la tuberculosis diagnosticada tres años antes.
El poeta se queda solo con su pequeñísima hija Elisa y con los recuerdos que irán dando forma a muchos de los poemas de libros inmediatos o posteriores como Rapsodias (1905), Tristitiae rerum (1906) y Viaje sentimental (1908) y que todavía serán tema fundamental de In memoriam (1910). En buena parte estos volúmenes los ha ido escribiendo durante el largo viaje que emprendió, a raíz de la muerte de su mujer, por algunos países latinos de Europa: primero pasa una temporada en Portugal, donde en su ímpetu renovador coincide con Luis Morote y Felipe Trigo; después marcha a Italia y, más tarde, ya en Francia, recala finalmente en París. Desde allí vuelve a Madrid a finales del año 1904.
Quizá el más interesante y perfilado de esos cuatro libros sea Rapsodias, que tantas coincidencias simbolistas revela con las Soledades (1903) de Antonio Machado. Ahí, junto a la presencia de los marginados, ciegos y hospicianas, se da paso, a través de la utilización de poemas breves de arte menor, a una expresión más intimista y entrecortada, que, rodeándolo todo de un cierto aire de vaguedad y misterio, habla de nostalgias y melancolías, de los secretos del alma del paisaje, del paso del tiempo, del hogar perdido, de las fuentes solitarias, de preludios de pavanas y clavicordios olvidados, todo ello presidido por la imagen de Elisa, su musa enferma, el nardo inadvertido de Juan R. Jiménez. En este libro queda diseñado el estilo que va a predominar en su poesía posterior.
En 1905 conoce a María García Rubín, gaditana de origen noble, casada y con dos vástagos, que a su vez le dará dos hijos, Dolores y Francisco, y que será su compañera para siempre. Son años de mucho trabajo poético, donde persiste en su característico modernismo, al que sería ya absolutamente fiel hasta el fin de sus días. En 1906 Rubén Darío, en un artículo de Opiniones, al hablar de los “nuevos poetas de España” y después de referirse a los hermanos Machado, Pérez de Ayala, Antonio de Zayas y Juan Ramón Jiménez, escribía: “Otro es Francisco Villaespesa. Enamorado de todas las formas, seguidor de todas las maneras, hasta que se encontró él mismo, si es que se ha encontrado. Dice ya sus propios ensueños y canta su mundo interior de modo que, ciertamente, seduce y encanta”.
En 1907 colabora en el Renacimiento, funda Revista Latina y publica Carmen, libro de cantares. En 1909 aparece El libro de Job, pero antes había ya comenzado su recuperación, modernista y depurada, del orientalismo romántico, con títulos como El patio de los Arrayanes (1908) y El mirador de Lindaraxa (1908), y relatos como El último Abderramán (1909) y La venganza de Aischa (1911); esta tendencia desembocará en su decisión de escribir para la escena El alcázar de las Perlas (1911), homenaje a Granada y a su Alhambra, cuyo éxito de público se vió refrendado al poco con las tragedias históricas Doña María de Padilla (1913), Abén Humeya (1913) y La Leona de Castilla (1915), llevada al cine en los años cuarenta, a las que en las próximas décadas seguirán más de veinte obras teatrales.
El poeta se considera en su mejor momento y, en 1916, año en el que también funda la revista Cervantes, la editorial Mundo Latino inicia la publicación de sus Obras Completas, que dos años después se cerrarán con un total de doce volúmenes impresos. Su éxito popular se consolida y, así, entre 1917 y 1929, van a aparecer en España al menos seis antologías de sus versos. En ese mismo año, 1917, aprovechando su crecida fama de autor teatral, embarca en el trasatlántico Alfonso XIII rumbo a América, donde en cualquier país que pise será recibido en olor de multitudes: Cuba, Méjico, Colombia, Santo Domingo, Puerto Rico, Venezuela. En Buenos Aires la gran Margarita Xirgu le estrena Judith. En Méjico publica y lleva a la escena su drama Hernán Cortés (1917), imprime varios volúmenes poéticos, como Tardes de Xochimilco (1919), y el presidente Venustiano Carranza le concede los máximos honores. En su visita a la isla de Santo Domingo, en aquel momento ocupada por el ejército norteamericano, es detenido y encarcelado bajo la acusación de incitar al pueblo a la rebelión con uno de los poemas que después recogería en La isla crucificada (1922). En Puerto Rico recorre la isla acompañado y agasajado por un amigo de sus años de estudiante en Granada, el poeta y abogado Luis Lloréns Torres.
En Venezuela es el Presidente de la República el que le encarga un drama sobre Bolívar, razón por la que, en 1921, vuelve a España para formar compañía teatral, estrenando ese poema dramático en Caracas en septiembre de 1921, ante el entusiasmo del público. Parte de la compañía se dispersa y, con lo que le queda de ella, continúa su periplo americano que, en total, durará más de diez años: Colombia, Panamá, Perú, en cuya capital estrena El sol de Ayacucho (1924), Bolivia, Chile, Uruguay y Argentina, donde da a conocer su versión modernista del mito de Don Juan, El burlador de Sevilla (1927).
Mientras, a comienzos de 1925, se había estrenado en España su traducción en verso del Hernani, de Víctor Hugo, firmada con Antonio y Manuel Machado. Pasa después a Brasil y el Gobierno de aquella República le ofrece todo tipo de comodidades para que se dedique a traducir al español a los poetas nacionales, de cuyo proyecto llegaron a publicarse varios volúmenes en España y Brasil. A lo que parece, muy fructífera fue su estancia en este país, una presencia que, entre otras cosas, significó un estímulo decisivo para los círculos poéticos de emigrados árabes en aquella zona del continente americano. Y justamente es durante su feliz estancia en Río de Janeiro cuando sufre una hemiplegia que le provoca la parálisis de medio cuerpo.
Estamos en 1931 y el poeta, que tantas dificultades económicas sufrió en su juventud, por su decisión heroica de dedicarse por completo a la literatura, y que ahora llevaba ya unos años disfrutando de los beneficios que le reportaban sus empresas literarias y teatrales, se ve de nuevo sumido en problemas, y tendrá que ser el Gobierno español el que se encargue de su repatriación y le conceda años después una pensión vitalicia de 8.000 pesetas al año, a propuesta de Fernando de los Ríos, Ministro de Instrucción Pública.
Cuando vuelve a España se le recibe con una serie de homenajes en teatros de Madrid y provincias, pero su salud está ya gravemente quebrantada. En 1933 las nuevas leyes de la República le permiten casarse con su compañera María, ya legalmente divorciada. Todavía, y gracias a la generosidad de un buen amigo, Antonio de Larragoiti, publica su último libro de título altamente expresivo, Manos vacías (1935). César González Ruano, que siempre lo juzgó positivamente, evoca en su antología de poetas españoles aquellos días tristes vividos cerca del enfermo: “Le vi morir poco a poco en su casa de Madrid, donde le visitaba con frecuencia. Cada día se vendía un mueble, una manta, una ilusión, o un soneto de su juventud que cambiaba un poco para hacerlo pasar por nuevo”.
Al año siguiente, después de un fugaz restablecimiento, la enfermedad se le complica y el 9 de abril de 1936 muere Francisco Villaespesa en su casa de Madrid, cuando aún no había cumplido los cincuenta y nueve años. En ese momento final se encontraban muy cerca de él tres fieles amigos de juventud: Manuel Machado, Emilio Carrere y Eduardo Zamacois. En su sepelio, que fue un acontecimiento en la capital, se le rindieron honores oficiales y fue enterrado en el Panteón de Hombres Ilustres de la Sacramental de San Justo. Con él desaparecía el primero y el último de los modernistas españoles.