Hijo póstumo de Laureano e Isabel, fue el menor de diez hermanos. Estudió la carrera de Ingeniero Agrónomo en Madrid, obteniendo el título en 1955 y posteriormente el de Doctor. Su primer destino fue la Delegación Provincial del Instituto Nacional de Colonización de Almería, donde se incorporó en marzo de 1956. En esta Delegación, bajo la dirección de Leandro Pérez de Cobos, se le encargó la explotación de las zonas de “interés nacional” de la provincia: Campo de Dalías; Campo de Níjar; El Saltador, de Huercal-Overa y el Higueral, de Tíjola. Aquí vivió y desarrolló toda su actividad profesional hasta su jubilación. En 1960, se casó con Purificación Arigo Espá. De este matrimonio nacieron Isabel y Bernabé. El uno de octubre de 1961, se le concedió la Encomienda de la Orden Civil del Mérito Agrícola.
En Almería, junto con Pérez de Cobos y Juan Cuadrado Martínez, desarrolló una solución para hacer rentables terrenos hasta entonces improductivos, a través de los cultivos en arena. Si la introducción de cultivo “enarenado” significó la posibilidad de cultivar toda clase de productos hortofrutícolas en estas tierras, la implantación de los abrigos de plástico permitió aprovechar al máximo las privilegiadas temperaturas invernales, utilizándolas para forzar los rendimientos agrícolas hasta límites insospechados. Bernabé Aguilar sería el inventor del invernadero tipo “Almería” ya que fue suya la idea de cubrir con plástico un pequeño huerto de quinientos metros cuadrados en las cercanías de Roquetas de Mar, el primer invernadero de Almería según los investigadores. Se trataba del primer abrigo de plástico ubicado en una parcela piloto -la número 24- del Instituto Nacional de Colonización, cuyo concesionario o colono, según la terminología de la época, era Francisco Fuentes Sánchez. Era el año 1963. En este terreno de Paco el piloto, como fue conocido desde ese momento, Bernabé Aguilar ensayó las nuevas propuestas que el cultivo “enarenado” había desencadenado. Este ingeniero pensó que debía ser una estructura fácil de montar, que no requiriera historiadas o costosas armaduras y que fuera lo más barata posible al mismo tiempo que eficaz. Así surgió el sencillo invernadero tipo parral o tipo “Almería”, como se le conoce hoy en día. Los resultados fueron tan esperanzadores que rápidamente estos ensayos se extendieron por todo el poniente almeriense. En 1977 fue nombrado subjefe provincial del IRYDA, donde continuó con su labor de promoción de la nueva agricultura. Realizó viajes para estudiar las técnicas agrícolas de Israel y Holanda y, durante 20 años, también fue colaborador del Banco de Crédito Agrícola, organismo necesario para financiar las nuevas instalaciones agrícolas que iban surgiendo por toda la provincia. Desde 1981 y hasta su jubilación en 1991, fue el Jefe provincial del Instituto de Reforma y Desarrollo Agrario.