Nació en Vélez Blanco el 11 de septiembre de 1655, como hijo del acaudalado labrador Juan Salazar y de doña Juana de Arenas (o Huarte). Según una información genealógica de 1680, los abuelos paternos de Juan eran Francisco Salazar, oriundo de Moratalla, y Catalina Gil, de Vélez Blanco; sus abuelos maternos Pedro Navarro Hualte, natural del lugar de Barcas en el reino de Navarra, “de quien dicen dos testigos que oyeron decir que trajo información de nobleza para casarse con doña Antonia Hurtado y Arenas”.

Juan de Salazar fue colegial mayor en Alcalá de Henares en 1688. En 1690 llegó a ser lector de Artes en Infantes y, en 1694, lector de Teología. En el capítulo de 1704 fue electo definidor y en el de 1706 guardián del convento de Murcia. Fue examinador sinodal del obispado de Cartagena. El 7 de junio de 1721, en el convento franciscano de Huete, fue elegido ministro general de la provincia franciscana de Cartagena. En el capítulo general de Roma de 1723 fue elegido definidor general de toda la orden. Murió en el convento de Murcia el 20 de febrero de 1743. Según un documento de la familia Torrente de Villena, de Vélez Blanco, cuyo familiar retirado fue Juan de Salazar, "murió con opción de santidad".

Escribió la obra "Thesoro escondido: vida admirable de la V. Madre Sor Doña Josepha de Paz, religiosa del Real Monasterio de Santa Clara de Murcia", impresa en Orihuela en 1733. La obra se puede consultar en el siguiente enlace:  http://bdh.bne.es/bnesearch/detalle/3608721?fbclid=IwAR2J-juMoWXivn0SpSTGag6EqPlKt1zNy6w1hYn_DT4vCZCkgHyQa9cSTfY