Durante la Guerra Civil, la familia vivió de forma itinerante entre Alboloduy y Almería. Precisamente, en el cortijo La Simona , el 5 de Agosto de 1936,  cuando tenía sólo 7 años de edad, fue interlocutor de los milicianos y luego testigo del arresto ilegal de su tío José Gómez Matarín por su condición de sacerdote, junto con el entonces párroco de Alboloduy.  Su otro tío, también sacerdote, Alberto Gómez Matarín, pudo escapar, pero José no corrió la misma suerte. Tras permanecer en la  prisión de Alhama de Almería, fue asesinado en Tabernas el 31 de agosto de 1936, a la edad de 51 años, siendo beatificado como mártir por la Iglesia Católica en 2017.

Se vio obligado a suspender sus estudios durante los tres años que duró la guerra, realizando después dos cursos en uno con objeto de recuperar el tiempo perdido. Estudió en la Salle y, posteriormente, en el Instituto de Enseñanzas Medias de Almería, el actual IES Celia Viñas.

Durante la adolescencia,  entre los 10 y los 14 años, tuvo un problema de crecimiento que le afectó a las piernas. Le pusieron como corrector una especie de férulas de hierro que se iban adaptando según crecía y que eran muy pesadas. Se acostumbró a andar y a correr con todo ese peso, y en lugar de considerarlo una minusvalía o tener complejo, quedó patente el valor y el esfuerzo para enfrentarse a este reto. Empezó a salir en aquella época con su hermano Ángel y su pandilla de amigos, porque, aunque era más pequeño, siempre resultó muy entusiasta y atrevido, y eso le valió el apodo del “Niño Rafael”, apelativo que mantuvo hasta su muerte entre sus amigos más íntimos.

Dijo que quería estudiar Medicina, y sus padres le recondujeron hacia Veterinaria, que podía estudiar en Córdoba, en casa de unos parientes, conocidos como “Los de Córdoba”. Realmente eran unos amigos íntimos de sus padres, que siempre se trataron como familia, y a los que Rafael estaba muy agradecido.

Fue buen estudiante y se licenció en Veterinaria en la Universidad de Córdoba en 1954, habiendo sido Delegado de Curso, y sobre todo, habiendo desarrollado una amplia actividad deportiva durante el periodo universitario, especialmente en Atletismo, Baloncesto y Fútbol, hasta el punto de que llegó a tener una buena oferta para pasar al Fútbol profesional.

Tras la carrera, hizo las milicias universitarias con la categoría de Alférez, y después empezó su actividad profesional como veterinario en varios pueblos de la provincia de Almería.

En 1956 empezó a trabajar como profesor de Ciencias Naturales en el Instituto de Albox, que se acababa de crear. El 23 de junio de 1958 se casó con Carmen Pinteño Núñez, natural de Huercal-Overa, una joven que  estudiaba en la Escuela de Artes y Oficios de Almería, y que años después, acabaría siendo una pintora de prestigio.

Trabajó en el Instituto de Albox durante 18 años.  Ganó la Catedra de Ciencias Naturales en el año 67 o 68, y realizó su tesis sobre “ Cultivos en Arenas”, lo que, con posterioridad, se desvelaría como un área de enorme interés y desarrollo para la provincia de Almería.

Durante casi todo el periodo que permaneció en Albox, ejerció el cargo de Director del Instituto, que en ese tiempo se convirtió de masculino en mixto, y fue personalmente el artífice de la creación de un Internado, que permitió estudiar a muchos alumnos de los pueblos de los alrededores y que siempre fue uno de los logros de los que estuvo más orgulloso. En un entorno de postguerra, rural, con fuerte emigración, especialmente a Alemania, gestionó personalmente la concesión de muchas becas, que permitieron que algunos alumnos, procedentes de ese medio, realizaran el bachillerato e incluso posibilitó que, posteriormente, siguieran estudios universitarios.

En 1975 se trasladó al Instituto de El Ejido. Durante tres años estuvo en comisión de servicio, y en 1978 se incorporó al Instituto Alborán de Almería, llamado actualmente Manuel Cáliz, donde ejerció como Catedrático y Jefe de Seminario, así como de Jefe de Estudios hasta su jubilación  en 1993. Durante sus años de docencia en este centro, sus alumnos de COU obtuvieron de media las notas más altas de la provincia en su asignatura en Selectividad, según los rankings del Ministerio.

Se vio forzado a jubilarse a los 65 años, en función de la Ley que estaba en vigor en aquel momento, a pesar de que se encontraba en plenitud física y mental, y nunca se recuperó del todo al haber tenido que dejar a sus alumnos. Ejerció la enseñanza con auténtica pasión, le encantaba el contacto con los jóvenes, y siempre recordó el nombre y apellidos de todos los alumnos que pasaron por sus manos, amén de muchísimas anécdotas. Durante toda su vida profesional mantuvo una estrecha relación personal con sus alumnos y compartió con ellos las actividades deportivas, especialmente los partidos de futbol en los que participaba como un estudiante más. Su vida estuvo siempre ligada al deporte, al que se entregó con constancia. Destacó en el juego de tenis de mesa, en partidos de tenis y carreras de ciclismo.

Tuvo 4 hijos: Carmen, Rafael, Mª del Mar y María. El 13 de noviembre de 1990  murió en un trágico accidente de tráfico, a la edad de 26 años, su único hijo varón, Rafael, que era abogado y estaba trabajando en Murcia para el Banco Popular.

Rafael Gómez Fuentes formó parte de la directiva de la Asociación Cultural Manuel del Águila, en recuerdo permanente al recordado amigo, profesor, escritor y musicólogo.

Pocos días antes de su fallecimiento, pudo disfrutar en el Salón de Plenos de la Diputación Provincial de la concesión del Escudo de Honor del Instituto de Estudios Almerienses otorgado a su mujer, Carmen Pinteño, algo que constituyó un motivo de orgullo y felicidad.