A la edad de veinticuatro años obtuvo la licenciatura en Ingeniería Química por la Universidad de Guiessen (1853), posteriormente, se doctoró. En 1853 estudió Farmacia en París y, dos años más tarde, consiguió el título de Químico Farmacéutico en Zurich. De los tres sitios en los que se dice que fue profesor, Oxford, Danzing y Guiessen, es en esta última universidad donde más posibilidades hay de que impartiera sus enseñanzas, ya que en ella era catedrático su tío político, el famoso químico Justus von Liebig, con el que trabajó durante algún tiempo, convirtiéndose en toda una autoridad en materia de fluidos y, muy especialmente, en petróleo. Por indicación de Liebig se trasladó a Surakhani, cerca de Bakú, en 1859, consiguiendo grandes avances en la destilación del petróleo a partir de naftas. Fue miembro de las sociedades alemana, inglesa y española de Química. Recibió dos condecoraciones: la medalla de oro del Kaiser Guillermo I y la Gran Cruz de Hierro.

      El gobierno inglés lo envió a España para resolver algunos problemas que habían surgido en las minas que los británicos explotaban en el sur de la península. El clima, que parece ser que le iba muy bien para algún tipo de afección que pudiera tener, fue determinante para que Moldenhauer fijara su residencia en España. Durante los primeros años vivió en el sur de la provincia de Badajoz, en la Sierra de Aracena, cerca de Azuaga y Berlanga. Es posible que residiera también en Madrid, pues, tras contraer matrimonio con Ana Murphy (1847-1919), natural de St. Helier (isla de Jersey), su primer hijo nació en la capital de la nación en 1869, los otros seis hijos que tuvo vinieron al mundo en la localidad almeriense de Garrucha.

      Requeridos sus servicios por Ramón Orozco, que no conseguía la consistencia debida en los hierros salidos de la ferrería San Ramón, más conocida como el Martinete, Moldenhauer se trasladó a Garrucha y allí fijó definitivamente su residencia, entre 1857 y 1864, años en los que funcionó la citada fábrica de fundición de hierro. Ejerció de agente consular en Garrucha de Austria-Hungría y de Alemania. Además, montó un laboratorio de análisis de tierras, por el que pasaron multitud de muestras de minerales, no sólo de los cercanos cotos mineros de Sierra Almagrera y Bédar, sino de otros puntos de España. En 1860 añade la farmacia al laboratorio. Aunque alejado de los centros de investigación, siguió manteniendo correspondencia con algunos científicos de renombre y elaborando trabajos que le encargaban sobre diversas materias. La parte final de su vida la ocupó en recolectar plantas y componer un tratado de botánica de la comarca que habitaba, que dejó incompleto al fallecer.