Nace en el seno de una familia pequeño-burguesa, hijo de Clemente Rubio Molina y Serafina Ortiz Valdez. Se unió en matrimonio a su prima Clementina Ortiz Molina, hija, a su vez, de Antonio Ortiz Valdez. Tuvo tres hijas: Serafina, María y Clementina. Influido por la corriente krausista del siglo XIX, tuvo una carrera cultural y científica profunda y a la vez artística. Hacia 1909 termina en Almería el bachiller en el Instituto General y Técnico, dando muestras de grandes dotes para el dibujo artístico. En 1915 termina Derecho por la Universidad de Sevilla y se especializa en Derecho Civil en la Facultad de Cádiz de la Universidad Hispalense. En 1924 termina los estudios de Medicina en la Universidad de Madrid e ingresa en el Instituto Rubio, luego, Institución Jiménez Díaz y Clínica de la Concepción, especializándose en Terapéutica Operatoria. En 1925 hizo un curso en la Casa de Maternidad de Madrid de Tocología y Ginecología, completando sus estudios con el título de Forense e Inspector Municipal de Sanidad. Con el objeto de poder costear sus estudios en Madrid ejerció de abogado de oficio y, además, fue periodista en El Diario Español. Finalmente, para poder atender el negocio de mármol de su mujer, logró plaza de titular médico cerca de casa: Tahal, Chercos y Alcudia.

      En 1920 se inicia en Macael uno de los juicios más largos e interesantes de su historia: se enfrentaban, por una parte, el sentir popular de la propiedad municipal de las canteras, los derechos del rematante derivados de la subasta del aprovechamiento del mármol de los montes de propios del municipio realizada en 1919 y de los intereses de su suegro, Antonio Ortiz, que ejercía sus explotaciones en terrenos de su propiedad y que fallece en 1928. El final de esta contienda judicial no llegaría hasta 1947. A raíz de las diferencias con sus cuñados por la separación de la empresa familiar “Marmoleras Reunidas S.A.”, se enfrentaría profesionalmente con el también abogado de Madrid, Augusto Barcia, con el que, sin embargo, terminaría forjando una gran amistad, integrándose en Izquierda Republicana y presentarse en marzo del 1936 a las elecciones en Macael por el Frente Popular. Confirmado como alcalde, comienza atacando uno de los problemas locales más acuciantes: la necesidad de un grupo escolar y viviendas para los maestros. No obstante, su prestigio sufrió el acoso y derribo por parte del Partido Socialista, mayoritario en la coalición, en razón de ser sucesor de Antonio Ortiz, litigante con el Ayuntamiento; hasta el punto de que su mujer llega a renunciar a los derechos que pudieran derivarse a su favor como resultado del pleito sobre las canteras, para que no pudiera entorpecer, ni sirviera de excusa, contra la actividad política de su marido (27-VI-1936).

      A partir del 18 de julio del 36, el Ayuntamiento de Macael aprueba defender al gobierno legítimo de la República y forma una milicia para la defensa del pueblo con los primeros 22 voluntarios que, junto con el Ayuntamiento, fueron a las puertas de Almería para reforzar su defensa ante la sublevación militar; posteriormente, esta milicia, con una fuerza mayor, se desplazó a Guadix para consolidar el frente de guerra. En julio, Juan Ortiz se hizo cargo de varios guardias civiles, siendo desarmados, detenidos, alojados y entregados al Gobernador; de otra parte, controló las acciones de los comités para evitar desmanes y expulsó a unos milicianos de Almería y Garrucha que venían con la intención de ajusticiar a algunos vecinos. El enfrentamiento con el Comité revolucionario provocó su marcha acelerada al frente; siendo destinado a la 23 brigada mixta como oficial médico, ascendiendo pronto a capitán y jefe del Hospital Militar de Pozo Rubio (Cuenca), conociendo a varios políticos nacionales y extranjeros por la proximidad de la Academia de Mandos de las brigadas internacionales. Su trato humanitario con varios sacerdotes provocó su destitución del Hospital por parte de los comisarios políticos (X-1938).

      Terminada la Guerra, le dieron la posibilidad en Alicante de marchar a Méjico, pero optó por correr el peligro de afrontar la nueva realidad y se marchó a su casa. Tras algunas semanas escondido en un zulo, en una escombrera de canteras, decidió desplazarse hasta Purchena y entregarse al oficial militar de carrera, iniciando el purgatorio de prisiones: Purchena, Almería, Madrid, Burgos. En todas ellas los jefes de prisión aportaron certificados de conducta intachable y de colaborar en todas las carencias sanitarias. Para salvar al soldado Juan Rubio se movilizaron todas las personas importantes y con mente abierta de derechas que lo trataron y constan sus avales en el proceso; siendo condenado (18-V-1943) a 20 años de reclusión temporal e inhabilitación para ejercer la medicina. En 1945 se le conmutó por destierro a Huelva y, después, a Olula del Río. En 1950 puede instalarse en su casa de Máchale y allí vivió el resto de su larga vida, dedicado a su pequeño negocio de mármol, a su familia, sus lecturas y a fumar sus continuas pipas, con la conciencia tranquila de haber sido un ciudadano responsable, valiente, enemigo de la injusticia y de los pocos que sirvió a la República con legalidad.