Nace el 22 de octubre de 1778, en el seno de una familia de hidalgos acomodados, en la ciudad granadina de Motril. En 1787 llega a Granada donde ingresa como colegial en el Colegio Seminario de San Jerónimo. En 1791 entra en el Real Colegio Eclesiástico de San Cecilio de Granada, a estudiar Ciencias Eclesiásticas, pero al no sentir vocación para el sacerdocio e incluso odiar el colegio, llegando a escribir a su padre que la teología “era una ciencia totalmente inútil e incluso perniciosa”, marchó a Madrid en 1798. Es allí donde contacta con Juan Meléndez Valdés quien lo relaciona con Gaspar Melchor de Jovellanos, en aquel momento ministro de Gracia y Justicia, el cual, le convalida por cursos de Jurisprudencia sus matrículas de Teología. Su aspiración es contactar con la aristocracia y la Corte de la España de aquella época, pero la caída de Jovellanos arrastra a Meléndez Valdés, y ello le obliga a volver a su ciudad natal, Motril.

En la década de los noventa el joven Burgos se dedica a cultivar su afición literaria, leyendo a los clásicos y escribiendo algunas obras, generalmente comedias. En 1799 es nombrado regidor perpetuo y alguacil mayor de la Real Justicia de Motril y secretario de la Sociedad Económica de Amigos del País de dicha ciudad. Durante esta etapa se dedicará al estudio de la economía y de la Administración, además de hacer prosperar su patrimonio personal. En 1806 se casa, por poderes, con María de los Ángeles del Álamo y Algava y participa en la obra colectiva Memoria presentada a la Sociedad Económica de Amigos del País de la ciudad de Motril. En ella ofrece algunos apuntes sobre la división territorial, la economía y el papel del poder político.

Bajo la invasión francesa, opta por las nuevas reformas napoleónicas y se adhiere al partido josefino, defendiendo el mantenimiento de la monarquía como forma de gobierno, sin compromiso dinástico alguno, y el reformismo como el camino más adecuado al desarrollo político. Es nombrado capitán de la sexta compañía del batallón de Milicia honrada de Motril y, más tarde, subprefecto de Almería en 1810, dependiente de la prefectura de Granada. Es decir, De Burgos se presenta como subprefecto en una de las actuales capitales andaluzas desempeñando dicho cargo desde el mes de junio de ese mismo año. Aunque trata de renunciar en varias ocasiones, para continuar su vida en Granada. Recibió a cuantos se sintieron agraviados por el invasor y libró de la muerte a vecinos detenidos o acusados de auxiliar a tropas españolas, una actuación que le permitió reunir posteriormente numerosos testimonios para hacerse perdonar por su apoyo a los invasores. Según el historiador almeriense Jover, era un joven animoso y guapo, bien vestido, ilustrado, templado en sus ideas liberales y mucha cultura, periodista y autor de varios libros. En definitiva, no conocemos una justificación teórica explícita de su decisión de su decisión de colaborar con los franceses, por lo que debemos pensar que sus ideales reformistas fuesen el fundamento, a pesar de que a posteriori tratase de justificarse ante Fernando VII.

La ocupación se prolongó hasta el mes de septiembre de 1812, dejando esquilmada y empobrecida a la cuidad de Almería. Respetó en gran parte el patrimonio cultural; dictando bandos de buen gobierno sobre higiene y sanidad; aceleraron la construcción del primer cementerio civil-municipal (ubicado en la actual Rambla de Belén); formaron listas de vecindario; abrieron la calle Ancha (hoy calle Jovellanos) sobre la huerta de las Claras y festejaron en la catedral diversas onomásticas litúrgicas (como las de santa Lucía, santa Catalina) y tedeums a los que fueron oportunamente invitadas las autoridades civiles y religiosas. Además, interesa destacar su participación en un amplio proyecto de reforma administrativa, reestructurando los ayuntamientos y limpiándolos de numerosos cargos tradicionales.

Una segunda etapa, se caracteriza básicamente porque De Burgos se forja como un docto humanista, que sobresale por una incesante labor literaria y periodística, pero sin abandonar su floreciente carrera política.

En ese mismo mes septiembre de 1812 se traslada a Granada, donde es nombrado presidente de la Junta General de Subsistencias y, poco después, corregidor Interino. Lo cierto es que apenas tienen efectos estos últimos nombramientos por la situación de retirada del ejército francés, lo que provoca su marcha de España a Francia, pasando así a formar parte de los denominados afrancesados. En el país vecino visitará las ciudades de Montpellier, Auch y París donde contactará con el pensamiento liberal europeo de la época, aunque manteniéndose más cerca de los restauradores monárquicos.

En 1817 se encuentra de regreso en Jaén, desde donde dedica al rey Fernando VII la traducción de las Poesías Completas de Horacio. Con este motivo se inicia el Expediente de Purificación frente a Javier de Burgos, favorablemente resuelto en noviembre de 1819, debido a los testimonios que obtiene a su favor por su etapa en Almería y Granada, y lo que finalmente le rehabilita para obtener nuevos destinos bajo el rey Fernando VII.

Durante el Trienio Liberal las Cortes debatieron y decidieron la nueva configuración del territorio español dividido en 49 provincias, en cuya elaboración tuvo Javier de Burgos un papel importante. La actuación sustancial del Congreso tuvo lugar entre febrero de 1821 y enero de 1822. En la demarcación del antiguo reino granadino ya se había desgajado la nueva provincia de Málaga en 1821. Pero el dibujo de la nueva demarcación en el sector oriental provocó un intenso debate tanto en el Parlamento como en los periódicos de la época y en los ayuntamientos afectados. La capitalidad era discutida entre Baza, propuesta en el dictamen previo de las Cortes, y las aspiraciones de Almería, defendidas por Francisco Torre-Marín desde el Congreso y por Javier de Burgos desde sus publicaciones en los periódicos Miscelánea y El Imperial, dirigidos por el motrileño.

Los ayuntamientos de los pueblos que pudieron estar bajo la demarcación de la nueva provincia fueron siendo empujados a posicionarse, llegando al Congreso numerosos escritos en favor de una u otra ciudad. La decisión del Parlamento viró en favor de Almería en junio de 1821 y definitivamente se consiguió en enero de 1822. Suspendida la organización territorial en 1823, once años después fue también Javier de Burgos, ministro de Fomento, quien aprobó definitivamente la organización territorial que aún subsiste con algunas modificaciones menores, como la incorporación del municipio de Adra en el caso de la provincia de Almería.

De nuevo en 1824 marcha a París, siendo nombrado comisionado de la Real Caja de Amortización en la ciudad del Sena por el ministro de Hacienda López Ballesteros, con la misión de remover los obstáculos que impedían realizar el empréstito del francés Güebhard, labor que ejecuta con prontitud y a la que siguen otras de la misma naturaleza. En enero de 1826 remite desde París al monarca español, una Exposición dirigida a Su Majestad Fernando VII sobre los males que aquejaban a España y las medidas que debía adoptar el gobierno para remediarlos.

En 1827, el andaluz regresa a España, y es nombrado miembro de la Junta de Fomento de la Riqueza del Reino (en la que alcanzó el cargo de secretario en ese mismo año y ministro cuarto un año después en la sección de agricultura), intendente de provincia de primera clase con los honores del Consejo de Hacienda en 1829, y recibiendo los honores del Consejo Supremo de Hacienda y la cruz supernumeraria de Carlos III. El 19 de julio de 1827 ingresa en la Real Academia Española en la plaza de Académico Honorario, y un año después, el 7 de enero de 1830, en la de Académico de Número. En 1832 es nombrado secretario del despacho del Ayuntamiento de Madrid, cargo que ostenta hasta 1833 y ello no le impide dedicarse a la producción literaria. En esa época destaca su comedia Los tres iguales, y otros menesteres particulares como la gestión de sus intereses agrícolas y fabriles, hasta el punto de ser uno de los tres empresarios de las obras del Canal de Castilla.

En 1833 Francisco de Paula Cea Bermúdez, a iniciativa del monarca, lo llama a la Corte. Tras la muerte de Fernando VII, su viuda, la reina Regente María Cristina de Borbón, lo nombra ministro de Fomento el 22 de octubre de ese año. Un mes después, aunque con la oposición del Consejo de Gobierno, se publica con la unanimidad del Consejo de Ministros el Decreto que establecía la división territorial de España en provincias y el Decreto de los Subdelegados de Fomento. En base a este último, unos días después, se publica la Instrucción para los Subdelegados de Fomento, a la que acompañan decenas de reales decretos y órdenes. Durante su etapa de ministro, en la que es duramente atacado por la oposición, ocupa interinamente -tan sólo 15 días- el Ministerio de Hacienda. Su último servicio en el Gobierno de esta etapa fue intervenir en la redacción del Estatuto Real de 1834, considerada como la segunda Constitución Española. Cesa en su cargo el 19 de abril de 1834 al tiempo que recibe la Real Cruz de la Real y Distinguida Orden de Carlos III para ser nombrado, poco después, Prócer del Reino. En 1837 visitó Almería, y fue diputado a cortes por la provincia en la legislatura 1845-1846. Tres años más tarde, regresa a Granada realizando una activa labor científica y cultural en el Teatro Liceo, en el que destacan el Discurso sobre el teatro, las Biografías de autores dramáticos, el Discurso sobre la libertad de comercio y sobre todo las Ideas de Administración. Tres años más tarde regresa a Madrid con el acta de diputado. Fue presidente de la comisión formada para el estudio y planteamiento del nuevo sistema tributario, presidente de la Comisión de Presupuestos, Senador Vitalicio y miembro del Consejo Real. En 1846 es nombrado ministro de la Gobernación.

Finalmente, el 22 de enero de 1848 fallece en Madrid, como siempre, trabajando en su despacho, corrigiendo galeradas de distintas obras que preparaba. De Burgos ha pasado a la historia por auspiciar dos acontecimientos fundamentales: primero, la división de España en provincias, vigente hasta hoy sin apenas alguna variación; y segundo, por la creación del Derecho Administrativo Español a través de sus aportaciones en la Administración Pública. Este andaluz fue un erudito tardío de la época, un intelectual formado en el afrancesamiento de finales del siglo XVIII, que no sólo explica su opción a favor de José Bonaparte, sino también sus criterios estéticos y literarios.